数学学院实验中心前身可追溯到上世纪50年代创建的吉林大学原数学系计算实验室，1993年成立国家基础科学人才培养基地实验室，2000年成立了公共数学教学实验室，2008年被评为校级重点建设实验教学中心， 2011年成立了吉林省数量化科学计算实验室。
实验中心占地面积2500平方米（其中公共数学710平方米），固定资产1965台套（其中公共数学438台套）。
现在，实验中心下设数学所实验室、基地实验室、公共数学实验室等多个实验室。现专职实验技术人员8人，其中副高以上6人，博士学位1人。
实验中心作为学院教学和科研的重要基础平台，为全院教师、博士生、硕士生、本科生（含非数学类公共数学课程）提供教学实验、科学实验、项目实验等支撑环境。每年数学建模竞赛中，多人多次获得国赛、美赛大奖。同时，实验中心每年还承担着多项必要的社会服务任务，获得好评。
每年承担的本科生教学任务包括课程实验、设计实验、创新实验及毕业论文等，受课学生万余人，实验课程数28门。
2018年完成了国家教育部修缮项目，实现了千兆网络到桌面，网络拓扑结构合理，贵重仪器纳入校共享平台，配套设施安全，集成环境规范。2019年完成了银校合作项目，更新了全部计算机。采用机房管理系统，实现了机房的网络化管理，教师与学生实现了线上、线下互动的实验教学模式。
实验中心现已形成了完善的物资管理制度、人员管理制度、安全管理制度及实验室教学管理制度。建成以学生为本、教育理念先进、教学体系科学、实验教材系统、实验设施完好、学科特色鲜明的实验教学中心。
实验中心作为数学理论转化为科学技术进而形成生产力的重要场所，与国内外著名企业深圳华为、长春中车、一汽集团等建立了联合实训基地。
